福建为“海上丝绸之路”的核心区。近年来，福建检验检疫局充分发挥检验检疫职能，大胆闯、大胆试，持续研究推出一系列改革创新措施，全力支持福建“海丝”核心区建设，助力福建开放型经济发展。
福建检验检疫局推出创新举措助推“多区叠加”优势，在推进对台“三互”、支持平潭开放开发、支持与“海丝”沿线国家或地区扩大贸易等方面，推出“源头管理、口岸验放”、进口水产品“统一申报、集中查验、分批核放”等模式。推进“多证合一”改革，在全辖区上线运行“多证合一”企业资质管理信息化系统，每项业务平均办理时间缩短约4个工作日。与福建省商务厅合作推进外贸经营者备案和原产地企业备案“两证合一”改革，创新实施展会“港馆联动”模式等，其中多项措施为全国首创。
福建检验检疫局服务口岸经济促进口岸开放开发，指导泉州中化石化、莆田莆头等码头检验检疫设施建设并通过省级验收，指导宁德漳湾8、9#码头等码头检验检疫设施建设并获得临时开放资质，推动福州机场快件监管中心和福清江阴2家跨境电商监管场所配套建设独立的监管场所和信息化监管平台。支持地方政府申请设立检验检疫指定资质口岸，指导粮食、肉类、水生动物、冰鲜水产品、水果、种苗和汽车整车等7类专业化口岸建设，支持、指导福州机场、平潭澳前、泉州石井、东山等20个口岸获得国家进口指定口岸资质。支持泉州深沪渔港为首个专业化渔港正式对外开放，助力福州打造“海丝”物流枢纽。依托全国首家中国-东盟海产品交易平台，实施进口冷冻水产品集中查验新模式，助力福州马尾口岸打造全国最大的进口水产品集散地。
福建检验检疫局加强互联互通强化检验检疫合作，构建服务“海丝”建设检验检疫工作体系，助推“海丝”区域经济社会又好又快发展。发挥“海丝”核心区引领作用，与“海丝”沿线直属局沟通协调，推进落实《服务“21世纪海上丝绸之路”建设检验检疫工作方案》，重点跟进制订“21世纪海上丝绸之路”单一窗口建设工作规范、探索粤港澳检验检疫部门“三互”合作等工作任务。
福建检验检疫局呼应地方需求服务“优进优出”战略，在2015年出台3方面48条支持措施基础上，2016年又出台强化服务供给改革力促外贸企稳向好18条措施，千方百计实现外贸企稳向好和产业转型升级。促成进口汽车“分线管理+验证整改+事后监管”创新模式落地江阴港，使其成为全国唯一实施入境辅助性整改的口岸。完成江阴港动植检规范化示范样板口岸建设，促成质检总局特批中粮集团3000吨柬埔寨碎米从福州江阴港进口。该局便利通关促进外贸发展工作获得多方肯定，连续8次获福建省口岸通关便利化测评检验检疫序列第一。
福建检验检疫局提升通关便利优化通关环境，率先在辖区实施“三通两直”，率先实现直属检验检疫局内通关一体化工作，率先在泛珠区域实现直属检验检疫局间检验检疫通关一体化，实现“一路”沿线区域直属检验检疫局通关一体化。推动福建省“单一窗口”建成为全国为数不多、特色较明显的省域“单一窗口”。率先提出并落实关检合作“三个一”向“单一窗口”转变，在辖区全面推广“一站式”查验。在全国率先通过单一窗口实现企业双模式货物报检/原产地申报，这是该局推进口岸通关和贸易便利化的又一项全国首创举措。
福建检验检疫局加强闽台交流深化“三互”合作，推进与台湾有关方面开展两岸检验检疫证书互换互查互认，已成功实现两岸电子证书数据互传互换。2016年4月，争取质检总局开放检验检疫证书联网核查系统EDI数据传输通道，实现该系统与两岸检验检疫数据交换中心涉台证书数据的双向互传。
福建检验检疫局创新服务自贸试验区建设，启动16项福建自贸试验区科研专项课题研究，为唯一启动自贸试验区政策专项研究的直属检验检疫局。持续出台创新举措36项，在福建省已发布的5批43项全国首创措施中福建检验检疫局有19项，位居全省各厅局前列，其中5项创新举措获评福建自贸试验区2015-2016年度创新举措；全面复制推广12项检验检疫创新举措，建议向全国复制推广4项创新措施，其中2项创新举措通过国务院商务部联席会议确定拟在全国复制推广。在福建检验检疫局辖区复制推广自贸试验区检验检疫创新举措18项。
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